Работа установки предусматривает самотечное прохождение сточной воды по ступеням анаэробной и аэробной биологической очистки. Сначала стоки поступают на предварительную механическую очистку в септическую камеру (1-я зона очистки), где происходит отстаивание, осаждение и осветление стоков, а также происходит минерализация осадка (избыточного активного ила). Специальная система Т-образных переливов препятствует прохождению мусора в следующие камеры, т.о. достигается высокая степень надежности локальной очистной системы и ее невосприимчивость к таким факторам, как попадание в систему средств личной гигиены, неразлагающихся полиэтиленовых кульков и пр. мусора. После септической камеры сточная вода попадает в аэробный биореактор (аэротенк) с искусственными водорослями (2-я зона очистки). Здесь происходит аэробная биологическая очистка стоков.

В работе установки автономной канализации применяется аэрация с высоким коэффициентом массопередачи кислорода. Высокотехнологичный способ аэрации, применяемый в биосептике ЭКО-ЕНОТ ПРОФИ (PROFI), позволяет равномерно распределить воздух внутри аэрируемой камеры, за счет чего достигается высокая степень окисления органических соединений под воздействием растворенного кислорода. В аэробном отсеке автономной системы применяются аэрационные мембраны с лазерной перфорацией, за счет чего достигается высокая степень растворения кислорода в стоках.

После предварительной очистки сточные воды поступают в аэротенк (3-я зона очистки), в котором они смешиваются с активным илом. В нижней части аэротенка предусмотрена система аэрации.

Далее сточная вода поступает во вторичный отстойник (4-я зона очистки), где происходит осаждение активного ила и переход его обратно в аэротенк, потом осветленная сточная вода отводится в биотенк (5-я зона очистки), в котором сточные воды очищаются биопленкой, образующейся на ершовой загрузке, при осуществлении аэрации. Биопленка сорбирует и окисляет загрязнения, оставшиеся в сточной воде после прохождения предыдущих ступеней очистки.

Следующей ступенью является третичный отстойник (6-я зона очистки), где осуществляется удаление избыточной биопленки.

Далее очищенная вода отводится в ближайший водоток, на рельеф местности или поглощается грунтом. При необходимости сточная вода может отводиться в накопитель (колодец из металла, пластика или железобетонных колец) и перекачиваться в водоем или на рельеф насосом любого типа. Также перед установкой автономной канализации необходимо ознакомиться с мерами безопасности, которые необходимо соблюдать при эксплуатации очистной установки.